სისხლის სამართლის საქმეები აღძრულია სახელმწიფო ღალატის ბრალდებით მოწინააღმდეგის მხარეზე გადასვლის, ტერორისტულ ორგანიზაციაში მონაწილეობის, ტერორიზმისკენ საჯარო მოწოდებებისა და რუსეთის უსაფრთხოების წინააღმდეგ მიმართული ქმედებების განხორციელებისკენ საჯარო მოწოდებების ფორმით. ყველა ბრალდება ერთ სასამართლო საქმეშია გაერთიანებული.
გამოძიების ვერსიით, პონომარიოვი „სპეციალური სამხედრო ოპერაციის“ (უკრაინაში რუსეთის ჯარების სრულმასშტაბიანი შეჭრის) დაწყების შემდეგ საჯაროდ უჭერდა მხარს „რუსეთის მოხალისეთა კორპუსის“ ქვედანაყოფებსა და ლეგიონ „თავისუფალ რუსეთს“, რუსეთის მოქალაქეებს მოუწოდებდა, ჩაედინათ „სახელმწიფო ღალატი“, კერძოდ, გაერთიანებულიყვნენ უკრაინის ჯარებში და წინ აღსდგომოდნენ რუსეთის შეიარაღებულ ძალებს, ასევე „გამოდიოდა მოწოდებებით ქმედებებისკენ, რომლებიც მიმართული იყო ხელისუფლების ძალადობით ხელში ჩაგდებისკენ მოქმედი ხელისუფლების ჩამოგდების გზით“.
მოგვიანებით ილია პონომარიოვი, როგორც ფსბ ამტკიცებს, შევიდა ლეგიონ „თავისუფალ რუსეთში“, აიღო „საკუთარ თავზე საინფორმაციო თანხლებისა და ფართო აუდიტორიამდე ორგანიზაციის საქმიანობის ასპექტების მიტანის ფუნქციური მოვალეობები.“
პონომარიოვმა მის წინააღმდეგ სისხლის სამართლის საქმეების აღძვრის შესახებ კომენტარი გააკეთა. „სხვათა შორის, მეც ერთ საქმეთა წარმოებაში გავაერთიანე პუტინიზმის წინააღმდეგ ბრძოლის ყველა ფორმა. და რაღაც მიკარნახებს, რომ ჩემი მარგი ქმედების კოეფიციენტი უფრო მაღალი იქნება“, - დაწერა მან ფეისბუკში.
პონომარიოვი 2014 წელს ყირიმის ანექსიის წინააღმდეგ გამოვიდა, რის შემდეგაც მან რუსეთი დატოვა. მან უკრაინის მოქალაქეობა მიიღო და ამჟამად კიევში ცხოვრობს. რუსეთში მის წინააღმდეგ ადრე აღძრეს საქმე რუსეთის არმიის შესახებ „ფეიკების“ გავრცელების ბრალდებით. 2022 წლის აგვისტოში მას დაუსწრებლად გამოუტანეს პატიმრობის განაჩენი, ოქტომბერში კი მასზე საერთაშორისო ძებნა გამოაცხადეს. რუსეთის იუსტიციის სამინისტრომ პონომარიოვი „უცხოეთის აგენტების“ სიაში შეიყვანა, „როსფინმონიტორინგმა“ კი - ტერორისტებისა და ექსტრემისტების სიაში.
