ბაჩანა ახალაია თბილისის საქალაქო სასამართლომ უდანაშაულოდ ცნო პოლიტიკური ნიშნით შვიდი სპეცრაზმელის წამების და მათ მიმართ არაადამიანური მოპყრობის საქმეზე, რომელიც შინაგან საქმეთა მინისტრის პოსტზე მისი მუშაობის პერიოდს უკავშირდება. ახალაიას გარდა მოსამართლე დავით მგელიაშვილმა გამამართლებელი განაჩენი გამოუტანა ამავე საქმეზე ბრალდებულ კიდევ შვიდ პირს. თბილისის საქალაქო სასამართლოს განმარტებით, ”გამოკვლეული მტკიცებულებებიდან გამომდინარე მოსამართლემ მიიჩნია, რომ არ არსებობდა ბრალდებულთა დამნაშავედ ცნობისთვის საჭირო ერთმანეთთან შეთანხმებულ, აშკარა და დამაჯერებელ მტკიცებულებათა ერთობლიობა”. თავის მხრივ, პროკურორმა დავით მესტვირიშვილმა დღეს ჟურნალისტებს განუცხადა, რომ ბრალდების მხარემ სასამართლოში საკმარისზე მეტი მტკიცებულებები წარადგინა. თბილისის საქალაქო სასამართლოსგან მიღებულ დასაბუთებულ განაჩენს პროკურატურა სააპელაციო სასამართლოში გაასაჩივრებს. ძალადობისა და ადამიანის პირადი ღირსების შეურაცხყოფის კიდევ ერთ საქმეზე სასამართლომ ბაჩანა ახალაიას გამამართლებელი განაჩენი წელს აგვისტოშიც გამოუტანა. ამასთან, 2013 წლის 28 ოქტომბერს თბილისის საქალაქო სასამართლომ ბაჩანა ახალაია დამნაშავედ ცნო ე.წ. ციხის ბუნტის საქმეზე და მას 3 წლით და 9 თვით პატიმრობა მიუსაჯა. 25 ოქტომბერს პროკურატურამ შინაგან საქმეთა და თავდაცვის ყოფილი მინისტრი ბრალდებულად ცნო სანდრო გირგვლიანის გარდაცვალების საქმეზეც. ამ შემთხვევაში ბაჩანა ახალაიას ბრალად ედება სამსახურებრივი უფლებამოსილების ბოროტად გამოყენებით სასჯელაღსრულების სისტემის საქმიანობაში უკანონოდ ჩარევა, რომლის შედეგად სანდრო გირგვლიანის გარდაცვალების საქმეზე მსჯავრდებული პირები უკანონო შეღავათებით და განსაკუთრებული პირობებით სარგებლობდნენ. ამ საქმეზე თბილისის საქალაქო სასამართლომ ახალაიას აღკვეთის ზომად პატიმრობა 26 ოქტომბერს შეუფარდა.